Packages and modules

cmp package

Submodules

• cmp.parser module
• cmp.project module

Pipelines and stages modules

• cmp.pipelines.common module

• cmp.pipelines.anatomical package
  • Submodules
    • cmp.pipelines.anatomical.anatomical module

• cmp.pipelines.diffusion package
  • Submodules
    • cmp.pipelines.diffusion.diffusion module

• cmp.pipelines.functional package
  • Submodules
    • cmp.pipelines.functional.eeg module
    • cmp.pipelines.functional.fMRI module

• cmp.stages package
  • Subpackages
    • cmp.stages.connectome package
      • Submodules
        • cmp.stages.connectome.connectome module
        • cmp.stages.connectome.fmri_connectome module
    • cmp.stages.diffusion package
      • Submodules
        • cmp.stages.diffusion.diffusion module
        • cmp.stages.diffusion.reconstruction module
        • cmp.stages.diffusion.tracking module
    • cmp.stages.functional package
      • Submodules
        • cmp.stages.functional.functionalMRI module
    • cmp.stages.parcellation package
      • Submodules
        • cmp.stages.parcellation.parcellation module
    • cmp.stages.preprocessing package
      • Submodules
        • cmp.stages.preprocessing.fmri_preprocessing module
        • cmp.stages.preprocessing.preprocessing module
    • cmp.stages.registration package
      • Submodules
        • cmp.stages.registration.registration module
    • cmp.stages.segmentation package
      • Submodules
        • cmp.stages.segmentation.segmentation module
  • Submodules
    • cmp.stages.common module

GUI modules

• cmp.bidsappmanager.core module
• cmp.bidsappmanager.gui module
• cmp.bidsappmanager.project module

• cmp.bidsappmanager.pipelines.anatomical package
  • Submodules
    • cmp.bidsappmanager.pipelines.anatomical.anatomical module

• cmp.bidsappmanager.pipelines.diffusion package
  • Submodules
    • cmp.bidsappmanager.pipelines.diffusion.diffusion module

• cmp.bidsappmanager.pipelines.functional package
  • Submodules
    • cmp.bidsappmanager.pipelines.functional.eeg module
    • cmp.bidsappmanager.pipelines.functional.fMRI module

• cmp.bidsappmanager.stages package
  • Subpackages
    • cmp.bidsappmanager.stages.connectome package
      • Submodules
        • cmp.bidsappmanager.stages.connectome.connectome module
        • cmp.bidsappmanager.stages.connectome.fmri_connectome module
    • cmp.bidsappmanager.stages.diffusion package
      • Submodules
        • cmp.bidsappmanager.stages.diffusion.diffusion module
        • cmp.bidsappmanager.stages.diffusion.reconstruction module
        • cmp.bidsappmanager.stages.diffusion.tracking module
    • cmp.bidsappmanager.stages.functional package
      • Submodules
        • cmp.bidsappmanager.stages.functional.functionalMRI module
    • cmp.bidsappmanager.stages.parcellation package
      • Submodules
        • cmp.bidsappmanager.stages.parcellation.parcellation module
    • cmp.bidsappmanager.stages.preprocessing package
      • Submodules
        • cmp.bidsappmanager.stages.preprocessing.fmri_preprocessing module
        • cmp.bidsappmanager.stages.preprocessing.preprocessing module
    • cmp.bidsappmanager.stages.registration package
      • Submodules
        • cmp.bidsappmanager.stages.registration.registration module
    • cmp.bidsappmanager.stages.segmentation package
      • Submodules
        • cmp.bidsappmanager.stages.segmentation.segmentation module

cmtklib package

Subpackages

• cmtklib.bids package
  • Submodules
    • cmtklib.bids.utils module
• cmtklib.interfaces package
  • Submodules
    • cmtklib.interfaces.afni module
      • Bandpass
      • Despike
    • cmtklib.interfaces.ants module
      • MultipleANTsApplyTransforms
    • cmtklib.interfaces.camino module
      • DTLUTGen
      • PicoPDFs
      • Voxel2Image
    • cmtklib.interfaces.camino2trackvis module
      • Camino2Trackvis
    • cmtklib.interfaces.diffusion_toolkit module
      • DTIRecon
      • DiffUnpack
      • HARDIMat
    • cmtklib.interfaces.dipy module
      • CSD
      • DTIEstimateResponseSH
      • DirectionGetterTractography
      • MAPMRI
      • SHORE
      • TensorInformedEudXTractography
    • cmtklib.interfaces.freesurfer module
      • BBRegister
      • Tkregister2
      • copyBrainMaskToFreesurfer
      • copyFileToFreesurfer
    • cmtklib.interfaces.fsl module
      • ApplymultipleWarp
      • ApplymultipleXfm
      • BinaryThreshold
      • CreateAcqpFile
      • CreateIndexFile
      • Eddy
      • EddyOpenMP
      • FSLCreateHD
      • MathsCommand
      • Orient
    • cmtklib.interfaces.misc module
      • ConcatOutputsAsTuple
      • ExtractHeaderVoxel2WorldMatrix
      • ExtractImageVoxelSizes
    • cmtklib.interfaces.mrtrix3 module
      • ApplymultipleMRConvert
      • ApplymultipleMRCrop
      • ApplymultipleMRTransforms
      • ConstrainedSphericalDeconvolution
      • DWI2Tensor
      • DWIBiasCorrect
      • DWIDenoise
      • Erode
      • EstimateResponseForSH
      • ExtractFSLGrad
      • ExtractMRTrixGrad
      • FilterTractogram
      • Generate5tt
      • GenerateGMWMInterface
      • MRConvert
      • MRCrop
      • MRThreshold
      • MRTransform
      • MRTrix3Base
      • MRtrix_mul
      • SIFT2
      • StreamlineTrack
      • Tensor2Vector

Submodules

• cmtklib.config module
• cmtklib.connectome module
  • CMTK_cmat
  • rsfmri_conmat
• cmtklib.diffusion module
  • ExtractPVEsFrom5TT
  • FlipBvec
  • FlipTable
  • Make_Mrtrix_Seeds
  • Make_Seeds
  • SplitDiffusion
  • Tck2Trk
  • UpdateGMWMInterfaceSeeding
• cmtklib.functionalMRI module
  • Detrending
  • Discard_tp
  • Nuisance_regression
  • Scrubbing
• cmtklib.parcellation module
  • CombineParcellations
  • ComputeParcellationRoiVolumes
  • Erode
  • Parcellate
  • ParcellateBrainstemStructures
  • ParcellateHippocampalSubfields
  • ParcellateThalamus
• cmtklib.util module